深勢科技孫偉杰:打造新一代藥物計算設(shè)計平臺

近些年,一場由人工智能和科學(xué)研究相結(jié)合引發(fā)的科研范式轉(zhuǎn)變,正在快速且深刻地影響著數(shù)學(xué)、物理學(xué)、化學(xué)、材料學(xué)、生物學(xué)等各個傳統(tǒng)科學(xué)領(lǐng)域。

本文來自網(wǎng)易號“看見新力量”。

近些年,一場由人工智能和科學(xué)研究相結(jié)合引發(fā)的科研范式轉(zhuǎn)變,正在快速且深刻地影響著數(shù)學(xué)、物理學(xué)、化學(xué)、材料學(xué)、生物學(xué)等各個傳統(tǒng)科學(xué)領(lǐng)域。作為“AI for Science”科研范式的引領(lǐng)者和踐行者,深勢科技正瞄準(zhǔn)包括生物醫(yī)藥,新能源新材料在內(nèi)的萬億廣闊市場,基于AI for Science全力打造新一代微尺度工業(yè)設(shè)計和仿真平臺,建立源自中國的微尺度工業(yè)基礎(chǔ)設(shè)施,掀起一場顛覆性變革。

第八十四期《看見新力量》采訪了由阿里云支持的首屆廣州·琶洲算法應(yīng)用國際大賽亞軍得主——北京深勢科技有限公司創(chuàng)始人兼CEO孫偉杰,一起了解他們的企業(yè)故事。

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創(chuàng)始團(tuán)隊實力超拔,瞄準(zhǔn)千億美元藍(lán)海

“我們要打造的這個全新微尺度工業(yè)設(shè)計和仿真平臺,不局限于提供解決方案,更是為了打造一個服務(wù)于國際科學(xué)界的公共平臺,實現(xiàn)從理念到范式,從算法到產(chǎn)品的全面創(chuàng)新。”深勢科技創(chuàng)始人兼CEO孫偉杰表示,要讓公司的產(chǎn)品成為相關(guān)領(lǐng)域科研的基礎(chǔ)設(shè)施,打造微觀世界的"達(dá)索"系統(tǒng)。

深勢科技是國家高新技術(shù)企業(yè)、北京市“專精特新”中小企業(yè),總部位于有“中國硅谷”之稱的北京市中關(guān)村地區(qū)。據(jù)了解,深勢科技兩位創(chuàng)始人均實力超拔。2020年,張林峰作為核心開發(fā)者的工作因“在保持從頭算精度的前提下通過機(jī)器學(xué)習(xí)將分子動力學(xué)的極限提高到1億原子”獲得高性能計算領(lǐng)域最高獎ACM戈登貝爾獎。在普林斯頓大學(xué)攻讀博士,張林峰主要研究方向包括統(tǒng)計物理、分子模擬和機(jī)器學(xué)習(xí),及其在化學(xué)、生物和材料等方向的應(yīng)用。另一位創(chuàng)始人孫偉杰本科與研究生均畢業(yè)于北京大學(xué),創(chuàng)業(yè)前孫偉杰曾作為天使投資人,活躍在科技、教育和企服等領(lǐng)域。并在不同類型的被投企業(yè)擔(dān)任不同的角色,多年來積累了深厚的行業(yè)經(jīng)驗。

2018年兩人創(chuàng)立深勢科技,從底層數(shù)理模型出發(fā),融合計算機(jī)科學(xué)下的模擬工具,通過相關(guān)產(chǎn)品和服務(wù)深入生物、材料、化學(xué)等各類具體場景中去解決研發(fā)難題。“做一家源自中國、影響世界的科技公司,創(chuàng)造向善的價值。”孫偉杰說,這是他的理想,也是創(chuàng)立公司的初衷。

突破性打造藥物計算設(shè)計平臺

當(dāng)今,隨著市場演進(jìn)與社會發(fā)展,藥物這個千億美元級別的大市場,已生發(fā)出許多全新的研發(fā)需求。

深勢科技基于AI forScience打造的聚焦藥物領(lǐng)域的藥物計算設(shè)計平臺Hermite®,目前用戶數(shù)量超過50家,覆蓋眾多醫(yī)藥類院校和研究所,包括中國藥科大學(xué)、蘭州大學(xué)、暨南大學(xué)、鄭州大學(xué)、北京大學(xué)深圳研究生院、廈門大學(xué)、西湖大學(xué)、上海醫(yī)藥工業(yè)研究院、北京腦科學(xué)與類腦研究中心以及中國科學(xué)院上海藥物研究所等,除此之外,越來越多的領(lǐng)先藥企也正在成為此平臺的用戶。

采訪時,孫偉杰特意提到:“平臺KA客戶涵蓋大型上市藥企、頭部創(chuàng)新Biotech及國內(nèi)外CRO巨頭,如翰森制藥、佰翱得、加科思藥業(yè)、泓博醫(yī)藥、恩華藥業(yè)、益方生物、上海恒瑞醫(yī)藥等。”同時深勢科技還擁有超過1000名個人用戶,用戶年增長率高于50%。

據(jù)了解,“Hermite®藥物計算設(shè)計平臺”是基于深勢科技領(lǐng)銜的“AI for Science”新范式,從科學(xué)建模、機(jī)器學(xué)習(xí)、高性能計算及云計算等方面出發(fā),構(gòu)建的面向藥物研發(fā)領(lǐng)域的極具突破性的計算模擬及設(shè)計工具,對接藥物設(shè)計中的重要應(yīng)用需求。

孫偉杰仔細(xì)講述了該項目的核心優(yōu)勢是建立在“AI+分子模擬”算法上。他說:“所謂AI+分子模擬,就是用AI學(xué)習(xí)分子尺度上原子間相互作用的規(guī)律,再理性地計算藥物和蛋白質(zhì)在原子、分子尺度的微觀現(xiàn)象,有效地突破了藥物領(lǐng)域‘小數(shù)據(jù)’甚至‘無數(shù)據(jù)’的瓶頸。”

這樣的“AI+分子模擬”算法能夠在保持量子力學(xué)精度的基礎(chǔ)上,將分子動力學(xué)的計算速度提升至少五個數(shù)量級。目前,公司結(jié)合高性能計算,已經(jīng)實現(xiàn)了對數(shù)十億原子規(guī)模的體系進(jìn)行量子力學(xué)精度的計算模擬。

如今,在藥物設(shè)計領(lǐng)域,深勢科技基于這樣的底層能力,可以在“結(jié)構(gòu)-動力學(xué)-自由能”三個層面衍生一系列的計算手段和工具,全面解放藥物設(shè)計的生產(chǎn)力。

基于“AI for Science”新范式穩(wěn)步推進(jìn)研發(fā)工作

回憶過往,孫偉杰坦言,在入局之初,深勢科技作為“AI for Science”新范式的先行者,面對的是一片尚且嶄新的領(lǐng)域,沒有經(jīng)驗可借鑒。再加上疫情期間,公司成員分布在國內(nèi)外,溝通十分不便。

但挑戰(zhàn)與機(jī)遇并存,不同時差讓他們摸索出二十四小時協(xié)同的工作方式,反而提升了效率。疫情期間在業(yè)務(wù)緊張時,員工吃住都在公司,這群以90后為主導(dǎo)的團(tuán)隊就這樣解決了一個又一個不可預(yù)料的問題。

同時,公司創(chuàng)立前期由于藥物研發(fā)的鏈條非常長,也有很多細(xì)分領(lǐng)域,因而從哪個角度切入是項目開發(fā)過程中最關(guān)鍵的選擇之一。隨著對行業(yè)的深入了解,認(rèn)知多次打破又重建后,深勢科技選擇了“運(yùn)用AI for Science新范式,賦能基于結(jié)構(gòu)、動力學(xué)和自由能的藥物設(shè)計”為切入點(diǎn)。

2022年,深勢科技憑借“AI for Science范式的藥物計算設(shè)計平臺”項目在“首屆廣州·琶洲算法應(yīng)用國際大賽”摘得亞軍。

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提到這次大賽,深勢科技創(chuàng)始人兼CEO孫偉杰心懷感謝。他說,除了資金獎勵,深勢科技還收獲了大賽主辦方、業(yè)內(nèi)專家學(xué)者的認(rèn)可和肯定。“這說明我們選擇了一條正確的、有挑戰(zhàn)的、有意義的賽道,這為我們未來更加堅定的朝著這個方向去深耕指明了方向,讓我們更加有信心去繼續(xù)打磨技術(shù),開展研究,從而能夠在未來利用人工智能技術(shù)真正去賦能生物醫(yī)藥領(lǐng)域。”

作為阿里云數(shù)智CRO聯(lián)盟初創(chuàng)成員之一,與阿里云醫(yī)療行業(yè)線共創(chuàng)AI新藥研發(fā)聯(lián)合解決方案

深勢科技與阿里云機(jī)器學(xué)習(xí)PAI團(tuán)隊聯(lián)手,通過全新的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測推理加速方案FoldAcc,結(jié)合深勢Uni-Fold最新模型代碼和參數(shù),將單次預(yù)測能支持的最大氨基酸序列長度提升至6.6k,覆蓋99.992%已知的蛋白序列。推理速度和推理效果的顯著提升將有利于AI預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)更快地落地應(yīng)用。

同時,深勢科技通過阿里云彈性高性能計算的平臺,調(diào)度下層多種算力資源。阿里云彈性高性能計算平臺(EHPC)的自動伸縮功能,利用云上的彈性,根據(jù)作業(yè)負(fù)載自動管理計算資源,深勢科技降低了運(yùn)維成本。

目前,深勢科技正致力于基于“AI for Science”新范式,打造包括藥研在內(nèi),適配更多工業(yè)應(yīng)用領(lǐng)域的微觀尺度基礎(chǔ)設(shè)施。關(guān)于未來公司的發(fā)展路線,孫偉杰說:“深勢科技在Hermite®研發(fā)中具有清晰的技術(shù)路線,研發(fā)工作穩(wěn)步推進(jìn)。”直到2023年,深勢科技實現(xiàn)全新生物體系模型在藥物設(shè)計中的應(yīng)用,做到化學(xué)精度和AI效率的統(tǒng)一,實現(xiàn)對藥物分子真正高效準(zhǔn)確的理性設(shè)計。從而能夠促進(jìn)藥物研發(fā)模式,從隨機(jī)篩選走向理性設(shè)計,從經(jīng)驗驅(qū)動邁向數(shù)據(jù)與模型驅(qū)動,從“勞動密集”到“計算密集”的智能化轉(zhuǎn)變,賦能藥物研發(fā)企業(yè)在新時代背景下的跨越式發(fā)展。

(原標(biāo)題:專訪深勢科技創(chuàng)始人兼CEO孫偉杰:打造新一代藥物計算設(shè)計平臺)

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